Выключаем телефон, подключаем сервисный кабель
Запускаем setool, выбираем порт кабеля, скорость (для usb кабелей обычно 921600, для com 115200)
Выбираем тип телефона, нужный цвет (обычно оставить как есть). CDA пишем нужный, из приложенного списка. На закладке settings ставим галочку complete phone если вам нужно, чтобы финализация прошла автоматически при прошивке (финализировать нужно обязательно после прошивки FS файла!)
В качестве main выбираем нужные main файл В качестве fs выбираем нужный fs файл
Жмем Flash, затем при появлении бегущей полоски кратковременно жмем на кнопку включения телефона

2)Работа со скриптами

SETOOL поддерживает скрипты для записи-чтения из файловой системы телефона и gdfs области

Общий синтаксис:

Cмена рабочей папки в телефоне - chdir:/папка_телефона/

Листинг папок и файлов в телефоне - listdirs:/папка_телефона/

Удаление файлов - deletefile:/папка_телефона/файл_в_телефоне

Запись файлов - x:\папка\файл_на_компе
/папка_телефона/файл_в_телефоне

Чтение файлов (в версии 0.91373 возможно только для старых телефонов типа K500/K700/S700) - readfile:/папка_телефона/файл_в_телефоне

Пока все

Примеры:

Получение списка всех папок и файлов в файловой системе - chdir:/
listdirs:

удаление и запись файла - deletefile:/ifs/settings/messaging/pref_store.txt
c:\pref_store.txt
/ifs/settings/messaging/pref_store.txt

Выполнение скриптов:
Запишите ваш скрипт в текстовый файл и выберите его в окне misc files
Жмем write script

3)Бэкап-восстановление GDFS

В принципе это самая главная вещь. В GDFS (что-то вроде оперативной памяти) хранятся калибровка телефона (радиотракт и т.п.), телефонная книга, календарь, смс, все настройки и прочее.

Иметь бэкап gdfs своего телефона нужно!
read gdfs - бэкап, в папке с setool появляется файл gdfs_XXXXXXX.bin где XXXX - ваш IMEI
восстановление - в misc files выберите gdfs файл и жмем write gdfs